Cuvântul farmacie face trimitere la zeul Egiptului, Thot, al cărui epitet era ph-ar-maki („cel care conferă siguranţă”). Acesta era protectorul divin al medicinei. Epitetul se menţine semantic și în limba greacă pharmakon (< gr. phero ,,a purta, a duce”, pharma şi pharmacon).
Persoanele care vindeau leacuri se numeau pharmakopoles (pharmakon „medicament”+ poleo „a vinde”).
Apropo, regionalismul apotecă, o altă denumire a farmaciei, un împrumut din limba germană „apotheke”, s-a format de la cuvintele grecești iatreion (oficina medicinalis) „locul unde îşi desfăşurau activitatea medicii”, și apothiki „spaţiul în care se păstrau leacurile”.
Cea mai veche farmacie cunoscută până acum este cea din statul Urartu (Armenia), sec. al VIII-lea ante Chr. Prima farmacie publică a fost înfiinţată la Bagdad în anul 754.